W naszych czasach nikt nie zmienił podejścia do genitaliów ogólnie i penisa w szczególności bardziej niż Freud. Pisał o tym, jak penis wpływa na rozwój psychiki, dynamiki w rodzinie, oczekiwań społecznych, ról płci, nastroju, sztuki, religii i wielu innych. Nikt nie może odmówić penisowi centralnej roli w teorii i – przypuszczalnie – w wyobraźni Freuda. Prawdopodobnie ojciec psychoanalizy miał rację: penis ma wpływ na wszystko.
Podstawy teorii Freuda stanowią koncepcje zazdrości penisa i lęku przed kastracją, ale struktury tej teorii dotyczą nieświadomej aktywności umysłu skupionej wokół męskiego popędu. Freud twierdził, że libido, zarówno męskie jak i kobiece, jest falliczne, dzięki czemu oswoił temat penisa i pochwy dla publicznej dyskusji. Idee Freuda odkryły i rozwiały wstyd i tajemnice stuleci represji chrześcijaństwa nad zagadnieniami ciała i seksualności. Autor nie przejmował się ludźmi, którzy określali jego podejście mianem kontrowersyjnego czy obraźliwe, ale opór wobec jego pracy był stanowczy i głośny. Ludzie nie chcieli wierzyć jego teoriom, odrzucali jego tezy i postrzegali go jako osobę podejrzaną. Żadna z wielu teorii Freuda nie była tak rewolucyjna jak sugestia, że umysł i ciało muszą przejść przez trzy fazy rozwoju: oralną, analną, kompleks Edypa (zazdrość syna o ojca, który posiada matkę, w której syn jest głęboko zakochany). Tym, co sprawiło, że sugestie Freuda zostały uznane przez wielu za niesmaczne i nie do przyjęcia, było stwierdzenie, że najważniejszym organem kształtującym charakter jednostki – zarówno mężczyzny jak i kobiety – jest penis.
W efekcie Freud stwierdził, że jedyną rzeczą dzielącą mężczyzn i kobiety jest posiadanie lub nie posiadanie penisa. Miał tutaj na myśli obecność penisa lub zazdrość wobec tych, którzy go posiadają, żywioną przez tych, którzy go nie mają. Upatrywał tutaj źródła zazdrości o penisa wśród dziewczynek i kobiet (dziś możemy dodać do tego grona zniewieściałych mężczyzn) wobec prawdziwych mężczyzn. Freud utrzymywał, że zazdrość o penisa jest emocjonalnie tak prawdziwa, jak sam penis. W przypadku chłopców, rozwój emocjonalny skutkuje lękiem przed kastracją – strachem, że ojciec odbierze chłopcu penisa w zemście za to, że ten chce posiąść matkę. Freud upierał się przy stwierdzeniu, że psychologiczna realność kastracji i lęku przed utratą penisa (albo nie posiadaniem go) dotyczy wszystkich: chłopców i dziewczynki, mężczyzn i kobiety.
Teorie na temat kastracji rozwijały się wraz z czasem. W „Teorii marzeń sennych” Freud pisze o chłopcu, który miał koszmary senne, powodujące lęki. Śnił o sztyletach i nożach, którą Freud brał za konsekwencję groźby ze strony ojca na temat odcięcia penisa syna jeśli będzie się nadal masturbował (obawy chłopca wydają według mnie się całkowicie normalną reakcją). Ten epizod jest odbiciem własnej historii Freuda, w której sugerowano, że pokojówka rodziny nauczyła go masturbacji, a następnie został przyłapany i ukarany przez ojca. Freud wiele lat później opisywał pokojówkę jako swoją instruktorkę w sprawach seksu.
Być może trudno w to obecnie uwierzyć, ale mówienie o odcinaniu penisa chłopca było prawdopodobnie powszechną reakcją w XIX-wiecznej Europie, gdy rodzice przyłapywali syna na masturbacji. Freud zgodnie z prawdą twierdził, że podczas gdy dzieci odczuwają przyjemność z masturbacji, rodzice żywią głęboki lęk przed seksualnością dziecka i mogą straszyć dziecko odcięciem penisa. Groźba ta jest w stanie sterroryzować dziecko i mieć ogromny, głęboki i długotrwały wpływ na jego psychikę. Lęk przed kastracją jest w stanie wywołać największy z możliwych efektów psychologicznych, jakim jest kompleks Edypa. Polega on na lęku chłopca przed kastracją z ręki ojca, który grozi kastracją synowi w odwecie za pożądanie skierowane do matki. Ten kompleks zgodnie z teorią Freuda jest podstawą wszelkich neuroz. Wyjaśnienie Freuda na temat tego, jak ten kompleks się rozwija, jest głównie psychologiczne, ale też po części biologiczne, a nawet mitologiczne (w kwestiach, w których dotyka serca historii społecznej ludzkiego gatunku). Tak samo jak w jego czasach, również w czasach dzisiejszych teorie te były bardzo kontrowersyjne. Freud twierdził, że lęk przed kastracją i neurotyczne konsekwencje tego lęku stanowią podstawy ludzkiej osobowości, co oznacza, że kluczowym czynnikiem w formowaniu się ludzkiej tożsamości jest penis.
Dla małych chłopców jest naturalne, jak stwierdził Freud, przeświadczenie o tym, że każdy ma penisa takiego, jak oni. Podczas gdy odkrywa, że jego siostra czy matka są „wykastrowane”, może przyjąć, że zrobił to ojciec, a to staje się straszliwym dowodem amputacji penisa. Naturalnie, chłopiec chce zatrzymać penisa – musi być jak ojciec – więc staje się niechętny wobec ojca i wyczuwa jego emocjonalną, jeśli nie fizyczną, więź z matką. Nie wolno mu pożądać seksualnie partnerki swojego ojca, ani też nie może zaryzykować bycia niekochanym przez nią, aby ze złości nie zdradziła go i nie oddała ojcu, który mógłby go wykastrować. Wiemy, że dzieci mogą być narcystyczne, ale to wydaje się zbyt daleko idące stwierdzenie – pomysł, że jądro ludzkiej osobowości oparte jest na strachu przed utratą penisa i wszystkim, co on symbolizuje.